Hola gañan, a ver si te puedo ayudar.
Parece que tienes un problema parcial, y no lo acabo de entender del todo. Es posible que tu problema venga derivado de haber subido al servidor ficheros y haber cargado la base de datos desde tu copia en local (solo digo que es posible).
Normalmente phpLD, modifica el htaccess del sitio donde está conforme vas cambiando parametros en la configuración, y esto es muy dependiente del servidor de turno, con lo que hay que tener especial cuidado con la puesta en marcha en el servidor (bueno la mitad de esto que te digo me lo estoy inventando

, pero queda muy técnico.)
Por otro lado, supongo que debes de tener activado el uso de urls amigables:

Tendrás el apartado SEO en el Admin.
Finalmente revisa que en el htaccess, las entradas adecuadas sigan el patrón adecuado, valga la redundancia.
Te pongo ejemplos de como lo tengo yo en el d24.
1º Las URLS de categorías las tengo configuradas como amigables. Esto es un URL como la siguiente:
http://www.directorio24.net/informatica-e-internet/directorios/en htacces sigue este patrón de modRewrite:
##Category redirect
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
2º Las URLS de páginas dentro de una categoría como estas:
http://www.directorio24.net/informatica-e-internet/directorios/page-2.htmlen htaccess siguen este patrón.
##Pagination Rewrite
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule (.*)page-(\d+)\.htm[l]?(.*)$ $1/?p=$2 [PT,NC]
3º Las URLS de detalle de enlaces como esta:
http://www.directorio24.net/detail/link-122.htmlen htaccess siguen este patrón.
##Details Link Page Rewrite
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule (.*)detail/link-(.*)\.htm[l]?$ detail.php [QSA,NC]
No conozco en detalle todos los patrones de ModRewrite, pero así es como yo lo tengo configurado en el mio.
Si alguno de los 3 patrones que te he puesto te falla, (categorías, paginas en categorias, o enlaces), deberías verificar que en el htaccess mas o menos siguieran los patrones que te he indicado. Si no postea aquí los patrones de modRewrite que te fallan y a ver si vemos donde puede estar el lio. Yo utilizo phpLD 3.2, pero supongo que en lo que te estás refiriendo no habrán diferencias (supongo).
PD: Esta configuración, es también para una instalación en el raiz del srvidor (o dominio)
Saludos.
