Bueno empezando por el principio tenemos que entender el concepto básico del funcionamiento de Google y su indexación, para que Google pueda indexar paginas necesita enlaces ya que este no es mas que una maquina de comer código siguiendo enlaces, si no existen enlaces entrantes hacia una pagina Google jamas la podrá indexar ya que no tendrá modo de llegar hasta ella, bien, entendido este concepto básico del funcionamiento de Google (lógicamente es mucho mas complejo) podemos pasar a la relevancia y funcionamiento del Sitemap.
Quede claro en todo momento que por mucho que la gente piense el echo de tener creado un archivo Sitemap no quiere decir que tus paginas quedaran indexadas al 100%, este archivo es una ayuda para los buscadores, repito, ayuda para los BUSCADORES, no solo para Google ya que la mayoría de buscadores aceptan el protocolo del archivo Sitemap, el tener este archivo creado y subido a las herramientas para webmaster no quiere decir que Google este obligado a indexar todas las paginas de un sitio web, pero probablemente lo hará de mejor manera que si no lo tienes creado.
El concepto de las paginas web y su distribución es muy complejo, las jerarquías en las que son creadas las paginas influyen mucho en su indexación, lógicamente las paginas mas profundas de nuestros sitios cuestan mucho mas de indexar y esto es simplemente por el sistema de enlazado interno (sobre todo) y los enlaces externos, estos enlaces internos además de ayudar a tener un Link Juice bien formado y controlado ayudaran también a una mejor indexación del sitio, así mismo los enlaces externos a cada pagina interna de nuestro sitio también ayudan a su indexación.
El tener un archivo Sitemap en nuestro sitio web ayuda a Google a reconocer nuestros enlaces internos y por ello a conocer nuestras paginas mas profundas y poder indexar de manera mas rápida y efectiva, siguiendo el concepto básico que explico mas arriba, si tenemos una pagina dentro de una carpeta de nuestro directorio y esta no esta enlazada por ninguna otra pagina ni interna ni externa Google jamas podrá llegar hasta ella, es aquí donde el archivo Sitemap juega su papel mas fundamental ya que al crearlo le damos a Google paginas llenas de enlaces que puede seguir, distribuir, seleccionar y por supuesto indexar.
En el caso de paginas creadas en Flash o iframes (que todavía quedan muchas) el archivo Sitemap junto con el archivo Robots.txt juega un papel fundamental para que Google y el resto de buscadores puedan rastrear de forma efectiva nuestro sitio web.
A tu pregunta de si puede perjudicar el omitir algunas paginas en el Sitemap es NO, como digo el Sitemap no condiciona a los buscadores a la indexación, por tanto si tus paginas tienen un buen sistema de enlazado interno o externo serán indexadas tarde o temprano tanto si están en el Sitemap como si no.
Pero el archivo Sitemap no solo le da a los buscadores enlaces a seguir si no que también les proporciona información adicional y muy importante sobre cada pagina de nuestro sitio, para ello se utilizan algunas etiquetas relevantes para poder decirle al buscador la URL de la página <url>, la ultima fecha de modificación de la pagina <lastmod>, la frecuencia de modificación de la pagina <changefreq> y la importancia relativa respecto al resto de páginas del sitio <priority>.
Utilizando estas etiquetas de forma correcta podemos darle datos suficientes a los buscadores para que tengan en cuenta la relevancia de cada pagina y sobre la actualización de cada una de ellas para proponer al buscador una frecuencia de rastreo correcta.
También puedes encontrar mucha mas información aquí
http://www.sitemaps.org/es/protocol.php.
